许多现有的SARS-CoV-2毒株，以及未来可能出现的其他变体，有可能在部分人群中逃脱免疫系统的细胞毒性 T 细胞反应。这是西班牙卡洛斯三世健康研究所的 Antonio Martín-Galiano 及其同事于 2022年 2 月 10^日在PLOS 计算生物学上发表的一项新建模研究的结论。

人类的 T 细胞反应是由 HLA 分子遗传编码的——这意味着不同的个体具有不同的 HLA，它们被编程为根据病原体的不同部分或“表位”识别入侵的病原体。由于人群中有数千种不同的 HLA 分子和任何给定病毒中的数千种可能的表位，因此对每个人类 HLA 等位基因对每种病毒变体的免疫反应的实验评估是不可行的。然而，计算方法可以促进这项任务。

在这项新研究中，研究人员首先确定了来自中国武汉的 SARS-CoV-2 原始参考株的全套表位。该团队发现了 1,222 个与主要 HLA 亚型相关的 SARS-CoV-2 表位，覆盖了约 90% 的人口；基于这 1,222 个表位，每 10 人中至少有 9 人可以对COVID-19发起 T 细胞反应。

世界地图表明存在携带 A*74 家族等位基因的群体样本以及这些家族具有逃逸突变的分离物（绿色圆圈）。图片来源：Foix A 等人，2022，PLOS 计算生物学，CC-BY 4.0

然后，研究人员通过计算分析了国家生物技术信息中心 (NCBI) 数据集中描述的来自世界各地的 118,000 种不同的 SARS-CoV-2 分离株中的任何一种是否在这些表位中发生突变。他们表明，47% 的表位在至少一种现有分离物中发生了突变。在某些情况下，现有分离株在多个表位区域发生突变，但累积突变从未影响任何给定 HLA 等位基因类型超过 15% 的表位。当研究小组分析易感等位基因及其各自逃逸分离物的地理起源时，研究小组发现它们在一些地理区域共存——包括撒哈拉以南非洲和东亚和东南亚——这表明对细胞毒性 T 细胞反应的潜在遗传压力在这些领域。

作者说：“独立分离株中这些变化的积累仍然太低，不足以威胁到全球人口。” “我们的方案已经确定了可能与特定人群相关的突变，并需要进行更深入的监测。”

然而，Martín-Galiano 指出，“未被注意到的 SARS-CoV-2 突变”可能在未来“威胁到人类亚群的细胞毒性 T 反应”。

参考文献：Anna Foix、Daniel López、Francisco Díez-Fuertes、 Michael J. McConnell 和 Antonio J. Martín-Galiano撰写的“病毒突变景观对 SARS-CoV-2 细胞毒性反应的预测影响”， 2022 年 2 月 10 日，公共科学图书馆计算生物学。
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009726

资金：这项研究得到了 ISCIII 的 Acción Estratégica en Salud 的支持，授予 MPY 380/18（给 MJM）、388/18（给 DL）和 509/19（给 AJM-G）。AJM-G 获得了 ISCIII 的 Miguel Servet 合同。资助者在研究设计、数据收集和分析、发表决定或手稿准备方面没有任何作用。